搭載され るフューエルインジェクションシステムはデュアルスロットル方式。飛沫径６０ミクロンという微粒化 インジェクターの採用で、中速域から高速域のスロットルレスポンスを胸のすくような爽快感に置き 換える。このデュアルスロットルバルブは上級モデルのＮｉｎｊａ ＺＸ-６Ｒと同じタイプで、全域でス ロットルワークにピタッと付いてくるハイレスポンスなパワーを抽出してくれる。また点火システムも Ｎｉｎｊａ ＺＸ-６Ｒと同様のデジタル方式で高い信頼性を確保。スティックタイプのイグニッションコイ ルは強力なスパークを約束している。

なによりも扱いやすさを重視したＮｉｎｊａ ２５０Ｒのエンジンにはパラレル（並列）ツインを採用した。 シリンダーヘッドのバルブ駆動には直打式を採用し、高回転域の信頼性を確保。中低速域の力 強さと直線的に伸びるパワーテイストは体感加速を楽しめるようセッティングされている。

ピストンはヘッド部を強化し、ピストンピンのボス部分の強度を高めて耐久性を向上。縦方向に厚みを持たせたピストンリングはオイル消費を最低限に抑えている。
燃焼室は、燃焼効率を高めるよう、スキッシュエリアの最適化。排出ガスの低減にも貢献している。

２ｉｎｔｏ１方式を採用したエキゾーストシステムは、 ツインのメリットを最大に活かし、中低速域のトル クを太く豊かに演出。同時に直線的に伸びるス ムーズなパワーカーブも実現した。わずかにアッ プさせたサイレンサーは最適の分割設計を経て、 騒音とパワーロスという相反する対象を最低限 に抑えることに成功。さらにコレクターパイプ内とサイレンサー内にそれぞれハニカムキャタライザーを設け、環境への対応とパワーの確保を両立 している。

トランスミッションのシャフトにはインボリュートスプラインを採用することで、ギヤとシャフトの摩擦やバックラッシュを抑え、スムーズなシフト動作を実現。 またクラッチダンパーにはＮｉｎｊａ ＺＸ-６Ｒと同様の スプリング式を採用してスムーズなクラッチ操作 を実現。あらゆる部分に上級モデルと同じ技術が 惜しみなく注がれている。

ラジエターは、軽量化コンパクトながら、優れた冷却能力を持つ。
低騒音型リングファンを駆動するプリントモーターも省スペースに貢献。

モトクロッサーKX450Fで使用しているものと同様、自動調整機構を備えるカムチェーンテンショナーを採用。
エアクリーナーは強化リブを持つ複合構造で、反響をなくして吸気騒音を低減。

スリムなスポーツモデルの骨格を構成するためには、頑強なフレームワークが必要と なる。選ばれたのは強固で耐久性に優れた大径スチール鋼管採用のダイヤモンドフレ ームと、角断面チューブを持つスイングアームの組合せ。６０ｍｍ×３０ｍｍの角断面を 持つチューブ型スイングアームは全体のフレーム剛性を高めるとともに、最適な車体 剛性バランスをも実現する。

フロントフォークは直径３７ｍｍのテレスコピ ック式を採用。スムーズでクセのない減衰 性能と安定したハンドリングを実現する。ま たリヤにはロードグリップと衝撃緩衝力が定 評の窒素ガス封入式ユニ・トラックサスペ ンションを装備。優れた路面追従性が自慢 のこのシステムは５段階のプリロード・アジ ャスターを備え、ソロ走行でもタンデム走行 でも車体平行バランスの変化を調整する ことができる。

わずかに前傾したシート形状と、高めの位 置に設定された幅広のハンドルバーは自 然なライディングポジションを形成。ライダ ーインターフェースにもこだわり、スイッチ 類の操作感、インパネ類の視認性にも細 心の注意を払って設計が行われた

視認性に優れた大径アナログスピードメーターを中心に、 タコメーターと水温計を配置。ほかにもオド／トリップメー ターや警告灯などを装備。